Анонс произошедшего на момент начала игры.
Арка Крепости Бригс подошла к своему логическому завершению со следующим исходом: Эдвард был ранен, но совершенно неожиданно приобрел двух новых товарищей. Шрам, Марко, Мэй Чан и прочая компания, укрываясь по ту сторону гор в трущобах ишварского гетто, заманивает в ловушку с помощью химер Зависть, которого успешно ликвидируют, оставив от него только истинную сущность Зависти. После чего расходятся в разные стороны - Мэй, получив Зависть, уходит в Син, Шрам и Марко уходят налаживать связи с ишварцами по всей стране, а Уинри и пара офицеров из Крепости возвращаются домой.
Эдвард, тем временем, приходит в себя и вместе с товарищами по несчастью сбегает туда, где, по его мнению находится Альфонс - в столицу Аместриса, и первым делом проверяет на наличие брата тот дом, в котором Мустанг держал Жадность. Естественно, младшего Элрика там не оказалось, зато туда пришел Лин, который поведал Эдварду о том, что Отец выбрал определенный День для открытия Великих Врат. После чего власть над телом берет Жадность и все заканчивается тем, что Элрик соглашается служить гомункулу. У химер выбора нет, так что они тоже.

Трейлер. Альтернатива дальнейших событий такова, что мало никому не покажется.
Как только Эдвард успевает сообщить всем о "Назначенном Дне", приходит весть о том, что на Востоке заметны подозрительные шевеления со стороны Империи Син. Без объявления войны и предъявления каких-либо требований, Империя напала на Аместрис.
Проблема, однако, кроется в ином - один из наследников Императора умудрился раскопать секрет Философского Камня, пользуясь теми информационными крохами, что остались от Ксеркса и его разработок. Явившись к Императору с уже готовым Философским Камнем, принц затребовал Син в наследство, и получил его. В результате заранее подготовленной "ошибки" в формуле Человеческого Преобразования, Император остается без тела и жизни вообще, и бессмертие получает сам наследный принц.
Получив давно желаемое, отпрыск начинает воплощать в жизнь другую свою мечту - он горит желанием подчинить себе всю алхимию. То есть Аместрис, даром, что он милитаризирован до зубов. Правительство страны, во главе с Отцом, в ответ на агрессию Империи спешно проводит несколько военных операций, перенеся боевые действия непосредственно в Син.

Полковника Мустанга, майора Армстронга и многих других Государственных Алхимиков отправляют на фронт, что бы закончить эту не входящую в планы Отца и гомункулов войну поскорее. Туда же, в составе разных подразделений, отправляется вся, ранее расформированная, "команда" Мустанга.
Мэй Чан, оказывается перед выбором, после того, как узнает обо все произошедшем в Империи - ведь ее клан тоже был уничтожен при создании Философского Камня. Она возвращается в столицу и отдает Зависть Отцу, а сама, движимая местью, ищет сотрудничества с военными.
Шрам и доктор Марко, отправляясь в сторону руин Ксеркса, оказываются чуть ли в самой гуще военных событий. Единственные, кто этого избежал - Уинри, но и она не осталась в стороне, работая в тылу.
Лин, тем временем, получает вести от Лан Фан, одну тревожней другой, что не может не повлиять на дальнейшие скитания Эдварда и ко.

Добро пожаловать в Кризис!